À partir du IVème siècle, les invasions barbares favorisent le lent déclin d'Epomanduodurum. La ville se replie derrière des fortifications, pour devenir le castrum de Mandorum. Le sanctuaire au-delà des murailles défensives, en particulier le grand temple et le théâtre sont démantelés progressivement. Ils servent de carrière de pierres pour les nouvelles constructions.
Les vestiges du théâtre antique sont redécouverts au XVIème siècle grâce aux travaux de deux érudits locaux. Jean Bauhin (1541-1612), botaniste et médecin à la cour du duc de Wurtemberg à Montbéliard à partir de 1570, retrace l'histoire de la cité d'Epomanduodurum. En parallèle, Heinrich Schickhardt (1558-1635), architecte, urbaniste et ingénieur militaire allemand entreprend les premières fouilles sur le site de l'ancien sanctuaire.
De 1817 à 1820, Frédéric Moral Macler architecte de la ville de Montbéliard mènent les fouilles. Le site du théâtre antique de Mandeure est répertorié dès 1843 à l'inventaire des monuments historiques par Prosper Mérimée. Les érudits locaux réunis sous la bannière de la Société d’Émulation de Montbéliard manifestent leur intérêt et mènent des recherches poussées autour de l'antique cité d'Epomanduodurum.
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